El objetivo era destruir el cristianismo y reemplazarlo por religiones políticas y revolucionarias.

Cuenta el historiador Stanley Payne que el odio de la izquierda republicana española hacia la religión estaba esencialmente motivado por los mismos sentimientos que motivaron a los revolucionarios en la Francia de 1792 y a lo largo de todo el siglo siguiente, la Iglesia era el baluarte cultural y espiritual del orden tradicional, un orden que la izquierda estaba empeñada en destruir, y tanto el clero como sus propiedades eran representaciones de ese orden tradicional, incluso más tangibles y simbólicas que los miembros de los grupos políticos centristas y conservadores. La motivación, en otras palabras, era en sí misma religiosa y, dado que el credo revolucionario enfatizaba la violencia, se hizo uso de una violencia generalizada. Los arrestos generalizados y las ejecuciones masivas que tenían como objetivo al clero comenzaron en Rusia, en 1918. En España se había producido una importante quema de iglesias en 1909, en 1931 y en la primavera de 1936, pero el intento de destruir para siempre al clero en 1936 reflejaba una escalada de la violencia en la Guerra Civil. 

A pesar de toda la retórica sobre el exterminio, principalmente en los libros publicados en España durante estos últimos diez años, dice Payne, el único sector social que fue señalado como objetivo de exterminio desde todos los puntos de vista fue el clero. A lo largo de la historia del islamismo, en ocasiones se han llevado a cabo persecuciones generalizadas de cristianos, pero dichas persecuciones no se aplicaron exclusivamente al clero. La limpieza étnica de armenios y asirios que llevaron a cabo los turcos entre 1915 y 1916 estaba dirigida a eliminar pueblos cristianos completos, y no solo a su clero. Otro tanto puede decirse de las matanzas generalizadas de cristianos durante el último Imperio persa o de católicos en el Japón del siglo XVII. En España, desde luego, los revolucionarios intentaron reprimir a los católicos, y no solo al clero, y miles de católicos laicos fueron asesinados en ocasiones solo a causa de su religión, si bien nunca hubo la intención de exterminar a todos los católicos en general.

El historiador Julio de la Cueva ha señalado que mientras que la mayoría de los religiosos y sacerdotes fueron asesinados con armas de fuego, otros fueron colgados, ahogados, asfixiados, quemados vivos o enterrados vivos. En muchísimas ocasiones, las víctimas fueron torturadas, a veces de modos sorprendentemente sofisticados. Burlas, insultos, blasfemias e incitación a la blasfemia formaban muy probablemente parte de dichas torturas, que también podían completarse forzando a las víctimas a permanecer desnudos, golpeándolas, pinchándolas, hiriéndolas o mutilándolas. Todos estos ritos de violencia ejecutados sobre el clero contribuían además a deshumanizar a personas cuya humanidad había sido negada desde hacía mucho tiempo por el discurso anticlerical y, al mismo tiempo, facilitaba las “condiciones para una masacre sin sentimiento de culpa”. La combinación de insultos culturales y sexuales, la violencia ritualizada y la humillación de la víctima alcanzaba su expresión más precisa en los casos en que los sacerdotes eran tratados como cerdos en el matadero o toros en la plaza. Finalmente, despreciando la muerte de las víctimas, los cadáveres de los religiosos se arrojaban tranquilamente a las calles, y se exponían en las plazas públicas o se profanaban de muchos otros modos.

Las matanzas de religiosos, la destrucción de iglesias y del arte religioso, y los rituales elaboradamente sacrílegos que se llevaron a cabo al principio en la mayoría de las ciudades de la zona republicana no eran simples actos de vandalismo desenfrenado y arbitrario, sino  que tenían como objetivo fundamental la destrucción del cristianismo con la idea de que pudiera ser reemplazado por las nuevas religiones políticas y revolucionarias, afirma Payne.

Las matanzas de religiosos, la destrucción de iglesias tenían como objetivo fundamental la destrucción del cristianismo.