Campomanes, primer conde de Campomanes, elaboró un informe en el que señalaba que los jesuitas fueron los instigadores de un motín y, por lo tanto, eran culpables de los tumultos. La comisión creada al efecto emitió un dictamen de culpabilidad sobre los jesuitas. Ese dictamen fue analizado en un consejo que tuvo lugar a finales de enero de 1767, decidiéndose la expulsión de la Compañía de Jesús de todos los dominios del rey. En realidad, Carlos III no hacía sino seguir una corriente que ya se había manifestado en otras cortes donde el poder absoluto del monarca era la piedra angular, algo que rechazaban los jesuitas, lo que los colocó en el punto de mira de los gobernantes y acabaron expulsados de diferentes países. Ese era el caso de Portugal, donde el marqués de Pombal los había expulsado en 1755; idéntica medida se había tomado en Francia, en 1764. En los años anteriores al motín de Esquilache habían llegado desde el país vecino numerosos folletos y escritos anti-jesuíticos, en los que se les acusaba de deslealtad a la Corona, por anteponer su obediencia al papa a la de su monarca. La eclosión del llamado despotismo ilustrado hizo que su presencia resultase molesta para las monarquías ilustradas de la Europa del siglo XVIII. El problema de los jesuitas con el poder monárquico se vio agravado por el papel que la Compañía de Jesús había desempeñado en el plano educativo. En sus colegios se habían educado las élites de la nobleza y de la burguesía de los países católicos y, en consecuencia, su influencia y ascendiente eran muy fuertes en las capas más poderosas de aquella sociedad. Ahí se encontraba una de las claves del enfrentamiento.
En febrero de 1767 Carlos III firmaba una Real Pragmática que se encomendaba al conde de Aranda poner en marcha el proceso de expulsión, que no encontró fuertes resistencias. La expulsión se llevó a cabo el 2 de abril, la orden fue suprimida y sus bienes, confiscados. No se consideraron excepciones de edad ni de situación personal. Las instrucciones eran tajantes, todos sin excepción, llevando únicamente el hábito con su teja y su manteo, y el breviario. Los padres de la Compañía serían introducidos en carruajes que aguardaban a la puerta de sus centros y desde allí serían conducidos hasta el puerto más próximo para ser embarcados rumbo a la isla de Córcega, como lugar de exilio provisional.
