Hay hechos que científicamente son difíciles de explicar si los justificamos exclusivamente por la teoría de la evolución. Por ejemplo, un cerebro humano medio cuenta con cien mil millones de células nerviosas conectadas mediante cuatrocientos mil kilómetros de fibras nerviosas, lo que supone cien billones de conexiones. Como ocurre en el caso de los circuitos integrados de un ordenador, es preciso contar con las conexiones oportunas para que las cosas funcionen como es debido. Cuando estudiamos el ojo avanzado, no da la impresión de que haya podido evolucionar. El ojo está dotado de muchos sistemas complejos, como la bioquímica fotosensible integrada y la retina, así como características de exposición y enfoque automáticos, que consisten en muchos componentes que no funcionarían ni tendrían valor evolutivo de supervivencia hasta que todas las partes estuvieran presentes. La visión cromática es otro ejemplo de complejidad irreducible, porque la capacidad de separar diversos colores en la retina no contribuiría a la producción de una visión cromática sin un mecanismo cerebral que analizase los diferentes colores. Es preciso que estén presentes receptores y analizadores específicos, amén de que funcionen debidamente, para producir un sistema con valor inherente de supervivencia.
