El Escorial no estuvo planeado para ser un palacio, puesto que Felipe II ya tenía muchos. No desempeñó ningún papel en sus planes vitales hasta más de una década después de iniciado su reinado, El resto de sus residencias,, le eran muy queridas y pasó tanto o más tiempo en ellas como en el Escorial. Sería un error imaginar que el Escorial constituía la encarnación de sus aspiraciones.
Una lectura de la Carta de Fundación de 1567 permite clarificar las motivaciones de Felipe II respecto del Escorial. Si la leemos asumiendo que el rey, siempre muy ordenado en sus pensamientos, actuó paso a paso, resulta evidente que los éxitos militares ocuparon un lugar secundario entre aquellas. El motivo principal, al cual el rey otorga preeminencia, era la necesidad de garantizar a su padre un lugar de reposo digno de él. Este era el propósito para la construcción del monasterio. El papel de los frailes era el de rogar permanentemente por el reposo del alma del emperador y, además, por la de otros miembros de la familia real. La intención principal era, por tanto el deseo de crear un mausoleo familiar, una extensión del concepto de panteón. Todo lo demás era secundario. Si existía un sentimiento verdaderamente intenso en el alma de Felipe II, era su devoción por el recuerdo de su madre y de su padre.Es muy probable que a partir del mismo instante en que murió su padre, en 1558, Felipe decidiera resolver la cuestión acerca del lugar de reposo final del emperador.
