La unidad política bajo los Reyes Católicos hacía absolutamente necesaria la unidad espiritual.

Retratos de Isabel y Fernando de un pintor inglés desconocido (1500-1510). 

Hubo una época en la que se esperó que los miembros de las tres confesiones podrían llegar a constituir una unidad; pero cada vez se fue haciendo más evidente que esto no era posible. La unidad política bajo  los Reyes Católicos, con sus nuevas posibilidades de desunión, hacía absolutamente necesaria la unidad espiritual. La intransigencia y la actitud defensiva de Granada durante sus últimas décadas contribuyó, sin duda, a que Fernando e Isabel tomaran la decisión de lograr una auténtica unidad de credo, cuenta el historiador Montgomery Watt. 

Suleimán I, llamado “El Magnífico” y Sultán del imperio turco-otomano, ataca a la ciudad de Viena en 1529.

Hacia 1525, España, que estaba en camino de convertirse en un poder imperial, tomó conciencia de la amenaza islámica que para Europa representaba el avance turco hacia Viena (sitiada en 1529). Tanto estas empresas como los compromisos al otro lado del Atlántico exigían la utilización al máximo de los recursos humanos españoles; y era de sentido común el limpiar la base social de elementos potencialmente hostiles cuando un número tan considerable de los hombres en edad militar estaban fuera del país. Se ha dicho que quedó sobreentendido que los musulmanes dispondrían de un plazo de cuarenta años para aplicar las medidas de 1525 y 1526. Fuera ello cierto o no, el caso es que en 1566 se produjo una revitalización de la legislación

antimusulmana. Las anteriores medidas no habían sido efectivas. Por un lado, la práctica religiosa islámica, tanto en los centros orientales como en otras partes, permitía y justificaba la taqiyya, esto es, la ocultación de las propias creencias religiosas cuando una proclamación de las mismas pudiera poner en peligro la propia vida; y los moriscos habían obtenido al parecer dictámenes oficiales de juristas musulmanes de fuera de España en el sentido de que, en las circunstancias de la España del siglo XVI, tal ocultamiento de su vinculación al Islam era admisible. Se han conservado manuscritos, denominados aljamiados, escritos en idioma español, pero en caracteres árabes, conteniendo exposiciones de la fe y de la práctica islámica por y para los moriscos. 

Otra razón de la intolerancia fue la tasa de natalidad relativamente más elevada de los musulmanes, que hacía aumentar la proporción de éstos en la población. Por otro lado, en cambio, la importantísima contribución de los moriscos a la vida económica y material de España hizo que tuvieran el apoyo de muchos nobles de Aragón y de Valencia. Así, pues, a partir de 1566 la presión sobre los moriscos aumentó. Algunos de ellos se rebelaron en 1569,

Embarco de moriscos, en el Grao de Valencia 

recibiendo ayuda del gobernador otomano de Argel. Sin embargo, pese a todas las presiones, en las ciudades sus comunidades permanecieron en gran medida intactas gracias al carácter autónomo de su vida. De esta forma los moriscos eran un elemento difícilmente asimilable en la población. Por último, entre 1609 y 1614 se promulgaron edictos de expulsión, como resultado de los cuales alrededor de medio millón de moriscos emigraron al norte de África.

Hubo una época en la que se esperó que los miembros de las tres confesiones podrían llegar a constituir una unidad; pero cada vez se fue haciendo más evidente que esto no era posible