Aunque los beneficios potenciales de la nanotecnología son enormes, también lo son sus peligros. Los riesgos para la vida humana, animal y vegetal ocupan un primerísimo lugar. Los ensambladores universales tendrán la capacidad de reproducirse a sí mismos, esto es, de replicarse. Pero un ensamblador capaz de replicarse puede ser muchísimo más peligroso que cualquier virus o bacteria existente, pues podría consumir todo el material orgánico del planeta en cuestión de días. Eric Drexler describe algunos de los peligros inherentes a los ensambladores autorreplicantes: “Plantas” con “hojas” no más eficaces que las células solares de nuestros días podrían superar a las plantas reales y llenar la biosfera con un follaje incomestible. Bacterias omnívoras y superresistentes podrían superar a las bacterias reales. El viento podría propagarlas como hace con el polen, éstas se replicarían con rapidez y reducirían la biosfera a polvo en cuestión de días. Este escenario se conoce como el problema de la “plaga gris” (grey goo, literalmente pegote gris), pues unos ensambladores fuera de control podrían transformar la superficie del planeta en un paisaje completamente gris, una masa indiferenciada de nanorrobots autorreplicantes. La destrucción de todos los seres vivientes es apenas uno de los riesgos que plantea la nanotecnología. Dado que, en principio, un ensamblador puede fabricar cualquier objeto que sea posible producir desde un punto de vista físico, podría crear cualquier clase de arma, ya sea biológica, química o nuclear. Cualquier persona provista de un replicador lo bastante veloz podría reunir suficiente potencia de fuego o agentes letales para destruir todo lo que quisiera.
